ačkoliv nejsou tak důležité jako bakterie, mohou i houby způsobovat závažná onemocnění lidí a zvířat. Většina patogenních druhů patří mezi Deuteromycotina (zvláště dermatofyty), ale některé jsou i z jiných skupin. Velmi často jsou polymorfní nebo pleomorfní, což způsobuje určité nejasnosti v jejich klasifikaci. Je známo kolem 300 druhů patogenních pro člověka nebo zvířata. Řada patogenních druhů byla popsána jako saprofyté, zejména v půdě. Mykózy (ale ne dermatofytické) nejsou obvykle nakažlivé. Léčení dermatomykóz je někdy účinné aplikací fungicidů, zejména typu antibiotik (např. griseofulvin) přímo na napadenou tkáň, hlubší mykózy se pak odstraňují chirurgicky, ozařováním nebo chemoterapeutiky a antibiotiky (amphotericin, nystarin). Mezi nejvýznamnější houby parazitující na člověku patří: Absidia crombifera, A. ramosa (obě vzácněji), Actinomyces israelii (aktinomykóza), A. amstelodamii (mykózy očí, mycetom v mozku), A. candidus (mykózy nehtů - onychomykózy a uší - otomykózy), A. flavus (řada mykóz - nehty, uši, plíce, močový měchýř a pod.), Aspergillus fumigatus (aspergilózy plic, bronchů a pohrudnice, otomykózy a řada dalších onemocnění), A. niger (otomykózy, aspergilózy, dermatomykózy podobné lepře), A. restrictus (plicní aspergilózy, onychomykózy), A. sydowii (otomykózy, onchymykózy), A. terreus (otomykózy, onchymykózy, plicní mykózy), A. versicolor (otomykózy, změny na slezině, plicní aspergilóza, onchymykózy, keratomykóza), Blastomyces dermatitidis (severoamerická blastomykóza), Candida albicans (hlavní původce kandidóz), Coccidioides (kokcidiomykóza), Cryptococcus neformans (kryptokokóza), Epidermophyton floccosum, Geotrichum candidum (geotrichóza ústní dutiny, močového a zažívacího traktu), Histoplasma capsulatum, Paracoccidoides verrucosa (severoamerická blastomykóza), Pityrosporum orbiculare (různá onemocnění kůže), Phialophora verrucosa, P. pedrosoi, P. compacta, Piedraia hortai, Rhinosporidium seeberi, Rodotorula rubra (oční kreatitída, mastitída u klisen), Sporotrichum schenckii, Torulopsis glabrata (napadá vaginální flóru), Trichophyton mentagtophytes (více variet a kmenů), T. rubrum, T. megninii (rod Trichophyton má význam především u zvířat), Trichosporon beigelii (=T. cutaneum - tzv. bílá piedra), T. capitatum (encefalitida pneumonie). Pro zvířata jsou patogenní především rody Actinomyces, Aspergillus, Blastomyces, Candida, Coccidoides, Cryptococcus, Histoplasma, Microsporum, Rhinchosporidium, Sporotrichum a Trichophyton. Spory některých snětí, rzí a deuteromycet (Alternaria, Aspergillus, Cladosporium, Penicillium atd.) mohou vyvolávat prostřednictvím alergie, astma a sennou rýmu;